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Centre de bio-informatique (CBIO)

La recherche au centre de bio-informatique vise à développer des modèles et des algorithmes pour analyser et comprendre les données biologiques et chimiques, en particulier à travers des modèles probabilistes et des algorithmes d'apprentissage statistique. L’objectif sur le long terme est, à travers de multiples collaborations, de contribuer au développement de nouvelles thérapies en particulier contre le cancer. Afin d'atteindre ces buts les projets s'articulent autour de 5 axes:

  • Bio-informatique et analyse de données biologiques structurées et hétérogènes (séquences génomiques, structures de protéines, réseaux de gènes...), applications en diagnostic, prognostic, et médecine personnalisée.
  • Biologie des systèmes: analyse et reconstruction de réseaux de gènes, intégration de données génomique avec les réseaux de gènes.
  • Traitement et analyse de données pour les nouvelles technologies du vivant, en particulier les puces à ADN, le NGS, les puces à cellules et la microscopie cellulaire
  • Criblage virtuel: docking, apprentissage statistique sur des bases de données de molécules, chemogénomique
  • Théorie et algorithmes en apprentissage statistique: apprentissage sur des données structurées, analyse théorique d'algorithmes d'apprentissage.

Accéder au site du centre de recherche


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Larissa Mourao, Guillaume Jacquemin, Mathilde Huyghe, Wojciech Nawrocki, Naoual Menssouri, Nicolas Servant, Silvia Fre. Lineage tracing of Notch1-expressing cells in intestinal tumours reveals a distinct population of cancer stem cells Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2019, 9, pp.888. ⟨10.1038/s41598-018-37301-3⟩

Benoit Playe. Machine learning approaches for drug virtual screening Bioinformatics [q-bio.QM]. PSL Research University, 2019. English. ⟨NNT : 2019PSLEM010⟩

Beyrem Khalfaoui, Jean-Philippe Vert. DropLasso: A robust variant of Lasso for single cell RNA-seq data Preprint, 2019

Andrei Zinovyev, Urszula Czerwinska, Laura Cantini, Emmanuel Barillot, Klaus Frahm, Dima Shepelyansky. Collective intelligence defines biological functions in Wikipedia as communities in the hidden protein connection network Preprint, 2019

Elodie Girard, Séverine Eon-Marchais, François Olaso, Anne Renault, Francesca Damiola, Marie-Gabrielle Dondon, Laure Barjhoux, Didier Goidin, François Meyer, Dorothée Le Gal, Juana Beauvallet, Noura Mebirouk, Christine Lonjou, Julie Coignard, Morgane Marcou, Eve Cavaciuti, François Baulard, François Bihoreau, Odile Cohen-Haguenauer, Dominique Leroux, Jean Penet, Sandra Fert-Ferrer, Chrystelle Colas, Thierry Frebourg, François Eisinger, Claude Adenis, Anne Fajac, Laurence Gladieff, Julie Tinat, Anne Floquet, Jean Chiesa, Sophie Giraud, Isabelle Mortemousque, Florent Soubrier, Séverine Audebert-Bellanger, Jean-Marc Limacher, Christine Lasset, Sophie Lejeune-Dumoulin, Catherine Dreyfus, Yves-Jean Bignon, Michel Longy, Pascal Pujol, Laurence Venat-Bouvet, Valérie Bonadona, Pascaline Berthet, Elisabeth Luporsi, Christine Maugard, Catherine Noguès, Capucine Delnatte, Paul Fricker, Paul Gesta, Laurence Faivre, Alain Lortholary, Bruno Buecher, Olivier Caron, Marion Gauthier-Villars, Isabelle Coupier, Nicolas Servant, Anne Boland, Sylvie Mazoyer, Jean-François Deleuze, Dominique Stoppa-Lyonnet, Nadine Andrieu, Fabienne Lesueur. Familial breast cancer and DNA repair genes: Insights into known and novel susceptibility genes from the GENESIS study, and implications for multigene panel testing International Journal of Cancer, Wiley, 2019, 144 (8), pp.1962-1974. ⟨https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/ijc.31921⟩. ⟨10.1002/ijc.31921⟩

Maroulio Pertesi, Maxime Vallée, Xiaomu Wei, Maria Revuelta, Perrine Galia, Delphine Demangel, Victor Oliver, Matthieu Foll, Siwei Chen, Emeline Perrial, Laure Garderet, Jill Corre, Xavier Leleu, Eileen Boyle, Olivier Decaux, Philippe Rodon, Brigitte Kolb, Borhane Slama, Philippe Mineur, Jean Voog, Catherine Le Bris, Jean Fontan, Michel Maigre, Marie Beaumont, Isabelle Azais, Hagay Sobol, Marguerite Vignon, Bruno Royer, Aurore Perrot, Jean-Gabriel Fuzibet, Véronique Dorvaux, Bruno Anglaret, Pascal Cony-Makhoul, Christian Berthou, Florence Desquesnes, Brigitte Pegourie, Serge Leyvraz, Laure Mosser, Nicole Frenkiel, Karine Augeul-Meunier, Isabelle Leduc, Cécile Leyronnas, Laure Voillat, Philippe Casassus, Claire Mathiot, Nathalie Cheron, Etienne Paubelle, Philippe Moreau, Yves-Jean Bignon, Bertrand Joly, Pascal Bourquard, Denis Caillot, Hervé Naman, Sophie Rigaudeau, Gerald Marit, Margaret Macro, Isabelle Lambrecht, Manuel Cliquennois, Laure Vincent, Philippe Helias, Hervé Avet-Loiseau, Victor Moreno, Rui Manuel Reis, Judit Varkonyi, Marcin Kruszewski, Annette Juul Vangsted, Artur Jurczyszyn, Jan Maciej Zaucha, Juan Sainz, Malgorzata Krawczyk-Kulis, Marzena W?tek, Matteo Pelosini, Elzbieta Iskierka-Ja?d?ewska, Norbert Grz??ko, Joaquin Martinez-Lopez, Andres Jerez, Daniele Campa, Gabriele Buda, Fabienne Lesueur, Marek Dudzi?ski, Ramón García-Sanz, Arnon Nagler, Marcin Rymko, Krzysztof Jamroziak, Aleksandra Butrym, Federico Canzian, Ofure Obazee, Björn Nilsson, Robert Klein, Steven Lipkin, James Mckay, Charles Dumontet. Exome sequencing identifies germline variants in DIS3 in familial multiple myeloma Leukemia, Nature Publishing Group: Open Access Hybrid Model Option B, 2019, ⟨10.1038/s41375-019-0452-6⟩

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